Fiz algumas pesquisas e encontrei uma ótima resposta. :)
Use a função string do MySql FIND_IN_SET .
Exemplo de uso:
SET @csvStr = "val1,val2,val3";
SELECT Col1
FROM Table1
WHERE FIND_IN_SET(Col2, @csvStr) > 0;
Editei a resposta atual com a "Nova resposta" e a "Resposta antiga", apontando que a nova resposta abre seu sistema para uma vulnerabilidade de injeção de SQL.