É normal dependendo das especificações do seu servidor. A maneira como o MySQL cria índices é pela tabela e, em seguida, classificando e adicionando os índices. Isso significa que ele precisa reescrever todos os dados e, em seguida, classificar todos os dados (não é barato de forma alguma). Depende do desempenho de E/S do seu servidor e quanta memória RAM você pode fornecer.
Aqui estão alguns recursos para obter mais informações...
- Um relatório de bug do MySQL
- Outro relatório de bug do MySQL - com uma boa sugestão
- Um tópico do fórum com algumas informações úteis
