Mysql
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Obtendo porcentagem de Count(*) para o número de todos os itens em GROUP BY

SELECT Category, COUNT(*) AS Total , (COUNT(*) / (SELECT COUNT(*) FROM Item WHERE Department='Popular')) * 100 AS 'Percentage to all items', 
FROM Item
WHERE Department='Popular'
GROUP BY Category;

Não tenho certeza da sintaxe do MySql, mas você pode usar uma subconsulta, conforme mostrado.