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Remover linhas duplicadas da tabela com junção


Se você deseja remover a cidade duplicada com o mesmo state_id (registros duplicados), você pode fazer isso agrupando-os por city e state_id e usando MIN ou MAX função:

Antes de excluir a consulta, sua tabela estava parecendo
| ID | STATE_ID |       CITY |
------------------------------
|  1 |        1 |   city_one |
|  2 |        1 |   city_two |
|  3 |        1 |   city_one |
|  4 |        1 |   city_two |
|  5 |        2 |   city_one |
|  6 |        3 | city_three |
|  7 |        3 |   city_one |
|  8 |        3 | city_three |
|  9 |        4 |  city_four |
| 10 |        4 |  city_five |

Você pode usar a seguinte consulta para remover registros duplicados:
DELETE city_table 
  FROM city_table
  LEFT JOIN 
  (SELECT MIN(id) AS IDs FROM city_table
   GROUP BY city,state_id
  )A
  ON city_table.ID = A.IDs
  WHERE A.ids IS NULL;

Depois de aplicar a consulta acima, sua tabela ficará assim:
| ID | STATE_ID |       CITY |
------------------------------
|  1 |        1 |   city_one |
|  2 |        1 |   city_two |
|  5 |        2 |   city_one |
|  6 |        3 | city_three |
|  7 |        3 |   city_one |
|  9 |        4 |  city_four |
| 10 |        4 |  city_five |

Veja este SQLFiddle


Para saber mais, consulte DELETE Sintaxe do MySQL.