2 milhões de bancos de dados? Eu suponho que você quis dizer "linhas".

De qualquer forma, em relação às limitações:uma das coisas mais importantes a se ter em mente é que o NDB/MySQL Cluster não é um banco de dados de uso geral. Mais notavelmente, operações de junção, mas também subconsultas e operações de intervalo (consultas como:pedidos criados entre agora e uma semana atrás), podem ser consideravelmente mais lentas do que o esperado. Isso se deve em parte ao fato de que os dados são distribuídos em vários nós. Embora algumas melhorias tenham sido feitas, o desempenho do Join ainda pode ser muito decepcionante.

Por outro lado, se você precisar lidar com muitas transações simultâneas (de preferência pequenas) (normalmente atualizações/inserções/excluir pesquisas de uma única linha por chave primária) e você maneja manter todos os seus dados na memória, então pode ser muito solução escalável e de alto desempenho.

Você deve se perguntar por que deseja cluster. Se você simplesmente deseja seu banco de dados comum que possui agora, exceto com 99.999% de disponibilidade adicional, pode ficar desapontado. Certamente o cluster MySQL pode fornecer a você grande disponibilidade e tempo de atividade, mas a carga de trabalho do seu aplicativo pode não ser muito adequada para as coisas para as quais o cluster é bom. Além disso, você pode usar outra solução de alta disponibilidade para aumentar o tempo de atividade do seu banco de dados tradicional.

BTW - aqui está uma lista de limitações de acordo com o documento:http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/mysql-cluster-limitations.html

Mas faça o que fizer, experimente o cluster, veja se é bom para você. O cluster MySQL não é "MySQL + 5 noves". Você vai descobrir quando tentar.