Você pode editar a string inteira. .
Quero dizer apenas usando a função str_replace
por exemplo
$string = "skype,teamviwer,notepad";
$old_value = "skype";
$new_value = "facebook";
$new_string = str_replace($old_value,$new_value,$string);
Em seguida, basta atualizar essa nova string na tabela do banco de dados. .
