Defina sua coluna como 'set' (especifique todos os valores possíveis.) tipo de dados e execute a consulta abaixo.
$comma_separated = implode(",", $values);
$insert_query = "INSERT INTO TABLE_NAME(col_name) VALUES('$comma_separated')";
$result_insert = mysql_query($insert_query);
Espero que isto resolva o seu problema.
