Este erro não tem nada a ver com o php.ini, é claramente uma mensagem de erro do SGBD.
Você pode aumentar o valor do max_allowed_packet no arquivo my.cnf:
[mysqld]
max_allowed_packet = 128M
Depois de reiniciar seu mysqld, ele deve funcionar (para dados maiores, aumente mais o valor)
Se você tentar "importar com massa", acho que você está usando o mysql a partir da linha de comando, neste caso, você pode iniciar o mysql com o parâmetro --max_allowed_packet, por exemplo:
mysql --max_allowed_packet=128M -u root -p sampledb < dump.sql
Alternativamente, se você originar o arquivo de dentro de uma sessão mysql em execução, você pode definir o parâmetro por:
set global max_allowed_packet=128M;
o último exemplo só é efetivo até a próxima reinicialização do mysqld, para uma solução permanente, fique com o meu primeiro exemplo.
