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Instrução SQL Select com WHERE, AND, OR


De acordo com precedência de operador para MySQL AND tem precedência maior que OR .

EntãoC1 AND C2 OR C3 será tratado como (C1 AND C2) OR C3

Para substituir a precedência padrão, você precisa usar parênteses como:C1 AND (C2 OR C3)

No seu caso, a consulta correta é:
SELECT name, sex, fur, color 
FROM dogs 
WHERE sex='male' AND fur='short' AND (color='black' OR size="big");