Concordo com o cgwyllie que você deve escrever um webservice que atuará como uma API para seu banco de dados com métodos retornando JSON (ou XML).

Os métodos do webservice podem ser chamados a partir do seu projeto PhoneGap (eu recomendaria dar uma olhada no jquery ajax api http://api.jquery.com/jQuery.ajax/ ).

Eu apenas escreveria o webservice em PHP ou qualquer linguagem com a qual você esteja familiarizado.