Como a sobrecarga do contêiner do Docker não é significativa e insignificante aqui, a questão é mais sobre arquitetura em um paradigma de microsserviços.
O desempenho é realmente uma questão complexa e não há conselhos gerais, mas talvez o seguinte o ajude:
Pessoalmente, duvido que no início do projeto se deva tentar resolver antecipadamente todos os possíveis problemas de desempenho (#MVP , #ágil ) No entanto, corrija-me, mas parece que você não tem muitos recursos (um host?) e quer ser econômico com esses recursos antecipadamente.
Ok, qual é a sua maior preocupação agora?
RAM é uma preocupação
Em seguida, ter duas instâncias simultâneas do MySQL no mesmo host talvez não seja tão bom (mas não é um problema para configurações diferentes)
Para um host, eu proporia começar a usar um contêiner de banco de dados, mas criar esquemas diferentes. Pode envolver trabalho adicional com contêiner padrão (https://forums.docker.com/t/multiple-databases-in-official-mysql-container/8324 )
Outras preocupações
Eu não me importaria muito agora e começaria com bancos de dados separados desde o início. Ser capaz de separar seus serviços horizontalmente para os bancos de dados é um valor enorme! Eu não gostaria de enfraquecer essa decisão de design por causa de problemas de desempenho futuros muito teóricos.