O MySQL mantém um único conjunto de buffers para todos os bancos de dados. Com relação ao desempenho, não importa se as tabelas estão em bancos de dados diferentes.

Seu caso de uso é um boderline, mas parece ser um caso razoável para agregar dados de bancos de dados separados.

Eu teria cuidado com esta arquitetura embora. Se seus aplicativos começarem a compartilhar mais do que apenas algumas tabelas, pergunte-se se esses aplicativos são realmente aplicativos distintos, ou melhor, módulos do mesmo aplicativo. Neste último caso, faria sentido para mim ter todas as tabelas em um único banco de dados.

Se você estiver preocupado com a segurança, observe que a maioria dos direitos de acesso pode ser concedida por tabela (ou mesmo por coluna) .