Eu suspeito que você está confundindo
innobackupex com algo como mysqldump . O primeiro faz backup dos arquivos de tabela reais, enquanto o último se conecta ao servidor de banco de dados e extrai os dados. Como está tentando fazer backup dos arquivos do banco de dados é claro que precisará de acesso ao sistema de arquivos no servidor de banco de dados e não poderá ser executado remotamente.
O que você pode fazer é transmitir o conteúdo do backup para um máquina remota :
innobackupex --stream=tar ./ | ssh example@sqldat.com "cat - > /data/backups/backup.tar"
Ou apenas salve o arquivo de backup resultante em um servidor diferente com o método de sua escolha (por exemplo, unidade compartilhada,
scp , rsync ) 
