java.net.SocketException:tubo quebrado

Vou especular um pouco, mas se isso acontecer todas as manhãs (ou seja, após uma noite de inatividade), pode estar relacionado ao fato de o MySQL fechar conexões ociosas após 8 horas por padrão (o wait_timeout ).

Se este for o caso, também:

configure o tomcat para testar conexões emprestadas usando uma validationQuery na configuração da fonte de dados:
```
<parameter>
  <name>validationQuery</name>
  <value>select 1</value>
</parameter>
```
aumentar o wait_timeout do MySQL via my.cnf/my.ini , ou conectando-se a um cliente SQL de linha de comando e digitando SET GLOBAL wait_timeout=86400 , ou algum outro número adequado de segundos.

Não estou ciente de todas as consequências da segunda opção e realmente não a recomendo, pelo menos não sem obter mais feedback de especialistas em MySQL.