Reescreva e teste qual deles executa mais rápido:
SELECT *, storedfunc(param, table.column) AS f
FROM table
WHERE storedfunc(param, table.column) < value
ORDER BY f ;
SELECT *
FROM
( SELECT *, storedfunc(param, table.column) AS f
FROM table
) AS tmp
WHERE f < value
ORDER BY f ;
No MySQL, você pode até escrever assim (aviso:não SQL padrão sintaxe):
SELECT *, storedfunc(param, table.column) AS f
FROM table
HAVING f < value
ORDER BY f ;