Você pode usar cauda juntamente com a Ferramenta de linha de comando MySQL se você estiver em um sistema unix como o Himanshu mencionado. O comando seria:
tail -n +100 dump.sql | mysql -u user -p -D database
Nota:Você pode ter problemas ao iniciar parte do caminho através de um arquivo porque pode haver referências a valores definidos em um ponto anterior no arquivo.
