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PHP MySQL:Salvando PDF no Banco de Dados


A resposta está bem aí, no seu código:
// Close and output PDF document
// **This method has several options**, check the source code documentation for more information.
$pdf->Output('example_001.pdf', 'I');

Da documentação :

Então, altere seu código assim:
$pdffilecontent = $pdf->Output('', 'S');

e salve essa string no banco de dados