Se eu te seguir corretamente, você pode usar
exists para filtrar em table2 :select count(*) as cnt
from table1 t1
where t1.sex = 1 and t1.age = 3 and exists (
select 1
from table2 t2
where t2.id = t1.id and t2.var1 = 'Wisconsin'
)
Isso conta as linhas na primeira tabela para as quais pelo menos uma linha na segunda tabela tem Wisconsin. Se, por outro lado, você quiser garantir que todas as linhas na segunda tabela satisfazem a condição, então uma opção é:
select count(*) as cnt
from table1 t1
inner join (
select id
from table2
group by id
having min(var1 <=> 'Wisconsin') = 1
) t2 on t2.id = t1.id
where t1.sex = 1 and t1.age = 3
