Passando uma lista para o procedimento armazenado do MySQL e verifique se TODOS os valores estão presentes

Isso é o que eu tenho até agora...

Não é o ideal, mas você pode calcular o comprimento dos itens na string com isso.

(SELECT LENGTH(permissions) - LENGTH( REPLACE(permissions, ',', '') ) + 1)

Ele basicamente conta todas as vírgulas na string e usa isso como o número total de permissões passadas.

CREATE PROCEDURE has_permission( IN account_id BIGINT, IN permissions TEXT)
BEGIN
  SELECT DISTINCT account_id
  FROM   pp_acl_user_roles ur, pp_acl_role_permissions rp
  JOIN pp_acl_permissions p ON rp.permission_id=p.id
  WHERE (
    ur.account_id = account_id
    #check for permission ids OR keys depending on what has been passed in.
    AND ( FIND_IN_SET(p.id, permissions) OR FIND_IN_SET(p.key, permissions) )
    AND ur.role_id = rp.role_id

  )
  #ensure we have ALL the permissions we asked for, not just some -makes IN() an AND not an OR.
  GROUP BY ur.account_id
  HAVING COUNT(DISTINCT rp.permission_id) = (SELECT LENGTH(permissions) - LENGTH( REPLACE(permissions, ',', '') ) + 1);