Aqui estão alguns links úteis que você deve ver:

• Como armazenar melhor as informações do usuário e o login e a senha do usuário
• Práticas recomendadas para armazenar senhas de banco de dados
• Práticas recomendadas de gerenciamento de senhas (sopa de nozes, não apenas armazenamento ou geração)
• Salting sua senha:práticas recomendadas?
• Está certo armazenar a senha em texto simples em uma variável php ou constante php?
• Diferença fundamental entre algoritmos de hash e criptografia
• http://www.jasypt.org/howtoencryptuserpasswords.html
• http://www. codinghorror.com/blog/2007/09/youre-probably-storing-passwords-incorrectly.html
• Java - algoritmos de hash - implementações mais rápidas
• Implementação rápida de MD5 em Java
• https://security.stackexchange.com/ perguntas/12009/definitely-safest-password-storage-scheme

Espero que isto ajude.