JOIN com GROUP BY em um banco de dados normalizado sobre recursos, tópicos e capítulos

Eu realmente não consigo distinguir o que você está tentando alcançar, mas parece que você está simplesmente procurando obter uma tabela que mostre cada capítulo com seu tópico e recurso.

Se sim, então o seguinte SQL:

select * from resources r
JOIN topics_to_resource ttr ON ttr.tr_resid = r.res_id
JOIN topics t on t.t_id = ttr.tr_tid
JOIN topics_to_chapter ttc on ttc.tch_tid = t.t_id
JOIN chapters ch ON ch.ch_id = tch_chid
ORDER BY r.res_id;

retornará exatamente isso, conforme http://sqlfiddle.com/#!9/ddf252/ 12

Ou, ignorando os IDs de junção no select:

select r.res_id, r.res_name, t.t_id, t.t_name, ch.ch_id, ch.ch_name from resources r
JOIN topics_to_resource ttr ON ttr.tr_resid = r.res_id
JOIN topics t on t.t_id = ttr.tr_tid
JOIN topics_to_chapter ttc on ttc.tch_tid = t.t_id
JOIN chapters ch ON ch.ch_id = tch_chid
ORDER BY r.res_id, t.t_id, ch.ch_id

conforme http://sqlfiddle.com/#!9/ddf252/14

Se não é isso que você está procurando, você poderia elaborar um pouco sobre quais resultados você deseja ver?

Editar :Para retornar uma lista mais concisa com todos os registros associados

select 
CONCAT(r.res_id,': ',r.res_name) 'Resources', 
GROUP_CONCAT(CONCAT(' (',t.t_id,': ',t.t_name,')')) 'Topics', 
GROUP_CONCAT(CONCAT(' (',ch.ch_id,': ',ch.ch_name,')')) 'Chapters'
from resources r
JOIN topics_to_resource ttr ON ttr.tr_resid = r.res_id
JOIN topics t on t.t_id = ttr.tr_tid
JOIN topics_to_chapter ttc on ttc.tch_tid = t.t_id
JOIN chapters ch ON ch.ch_id = tch_chid
GROUP BY r.res_id
ORDER BY r.res_id, t.t_id, ch.ch_id

Conforme http://sqlfiddle.com/#!9/ddf252/30

Finalmente , para agrupá-los por capítulo e tópico:

select 
CONCAT(res_id,': ',res_name) 'Resources', 
GROUP_CONCAT(`chapters` order by chapters separator '\n') as 'Content'
FROM
  (SELECT r.res_id 'res_id',
          r.res_name 'res_name', 
          t.t_id 't_id',
          t.t_name 't_name',
          CONCAT(t.t_name,': (',GROUP_CONCAT(ch.ch_name ORDER BY t.t_name separator ','),')') 'Chapters'
    FROM resources r
      JOIN topics_to_resource ttr ON ttr.tr_resid = r.res_id
      JOIN topics t on t.t_id = ttr.tr_tid
      JOIN topics_to_chapter ttc on ttc.tch_tid = t.t_id
      JOIN chapters ch ON ch.ch_id = tch_chid
    GROUP BY res_id, t_id
    ORDER BY r.res_id, t.t_id, ch.ch_id) as t
GROUP BY res_id

Como visto aqui:http://sqlfiddle.com/#!9/ddf252/85

Eu verifiquei os resultados e eles parecem bem - mas verifique novamente, pois ficou um pouco como o MySQL Inception na minha cabeça (já passou da 1h aqui)

Adição adicional:valores distintos por recurso

    select CONCAT(r.res_id,': ',r.res_name) 'Resources', GROUP_CONCAT(distinct t_name separator ',') 'Topics', 
GROUP_CONCAT(distinct ch.ch_name separator ',') 'Chapters'
from resources r
JOIN topics_to_resource ttr ON ttr.tr_resid = r.res_id
JOIN topics t on t.t_id = ttr.tr_tid
JOIN topics_to_chapter ttc on ttc.tch_tid = t.t_id
JOIN chapters ch ON ch.ch_id = tch_chid
GROUP BY r.res_id
ORDER BY r.res_id, t.t_id, ch.ch_id

Consulte http://sqlfiddle.com/#!9/ddf252/88