Certifique-se de que seus dados sejam realmente codificados em UTF8. A coluna é realmente utf8 ?

Se não for, o MySQL pode gerar esse erro. Você pode testar isso (entre outras coisas) fazendo um INSERT IGNORE declaração e olhando o que está inserido no banco de dados.

Você pode verificar o information_schema para a tabela, coluna e banco de dados para ver se este é o caso.