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Como coloco uma 'cláusula if' em uma string SQL?


Para sua consulta específica, você pode fazer:
UPDATE purchaseOrder
    SET purchaseOrder_status = 'COMPLETED'
    WHERE purchaseOrder_ID = '@purchaseOrder_ID' and
          not exists (SELECT *
                      FROM itemsOrdered WHERE purchaseOrder_ID = '@purchaseOrdered_ID' AND status = 'PENDING'
                     )

No entanto, posso supor que você esteja fazendo um loop em um nível mais alto. Para definir todos esses valores, tente isto:
UPDATE purchaseOrder
    SET purchaseOrder_status = 'COMPLETED'
    WHERE not exists (SELECT 1
                      FROM itemsOrdered
                      WHERE itemsOrdered.purchaseOrder_ID = purchaseOrder.purchaseOrdered_ID AND
                            status = 'PENDING'
                      limit 1
                     )