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Adicionar chave estrangeira à tabela existente dá erro 1050 tabela já existe


Eu recebi o mesmo erro, e foi devido ao fato de que a chave estrangeira já existia. O que você quer é apenas adicionar a restrição:
ALTER TABLE Registration 
  ADD CONSTRAINT idx_Registration_CustomizationSet 
  FOREIGN KEY (customization_set_guid) 
  REFERENCES CustomizationSet(customization_set_guid);