Acho que você pode fazer o seguinte:
-
Desabilite a verificação de restrição de chave estrangeira
mysql> SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 0;
-
Trunque suas tabelas
mysql> TRUNCATE MY_TABLE;
-
Habilite a verificação de restrição de chave estrangeira
mysql> SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 1;
Prefiro desabilitar temporariamente as restrições de chave estrangeira a eliminá-las/recriá-las.