Acho que você pode fazer o seguinte:
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Desabilite a verificação de restrição de chave estrangeira
mysql> SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 0; -
Trunque suas tabelas
mysql> TRUNCATE MY_TABLE; -
Habilite a verificação de restrição de chave estrangeira
mysql> SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 1;
Prefiro desabilitar temporariamente as restrições de chave estrangeira a eliminá-las/recriá-las.