O nível de isolamento padrão para MySQL é "REAPEATABLE READ", o que significa que se você não estiver usando autocommit em sua ferramenta de consulta, você não verá dados confirmados de outras transações, a menos que você encerre sua própria transação emitindo um COMMIT ou ROLLBACK.
O fato de você poder ver os dados depois de criar uma nova conexão também aponta nessa direção.
Então você tem duas opções
- altere o nível de isolamento de suas conexões de "consulta" para "READ COMMITTED"
- emita um COMMIT (ou ROLLBACK) em sua ferramenta de consulta antes de executar o SELECT
