Este é um caso para uma junção esquerda consigo mesma. A ideia nesta consulta é:selecionar todas as referências com status 'Lead Received' que não possuem uma linha com a mesma referência e um ID maior. Suponho que você use apenas o id para determinar qual é o status 'mais recente', sem carimbo de data/hora etc.
SELECT
DISTINCT h1.reference
FROM
workflow_status_history h1 LEFT JOIN workflow_status_history h2 ON
h1.reference = h2.reference AND
h1.id < h2.id
WHERE
h1.status = 'Lead Received' AND
h2.id IS NULL
