SELECT * FROM xml
WHERE EXTRACTVALUE(data, '<xpath-expr>') != '';
Você deve notar, entretanto, que existem limitações no suporte do MySQL ao XPath.
EXTRACTVALUE()retorna apenas CDATA.- Nem todas as construções XPath são suportadas. Detalhes sob o título "Limitações do XPath" no documento página mencionado na resposta de abatishchev.
