Não entendi muito bem qual é a pergunta? Você pode explicar o que você quer?
Se o seu desejo é adicionar delimitador à sua saída, você deve usar CONCAT_WS :
mysql -u myuser -p mydb -e "select CONCAT_WS(',',f1,f2) from mytable" > /tmp/mydata.txt
mysql -u myuser -p mydb -e "select CONCAT_WS(',',f1,f2) from mytable" > /tmp/mydata.txt
