O mais curto é recriar o banco de dados. mas se não quiser...
Isto é para MySQL/PHP. Não testado, mas algo assim.
$mysqli = new mysqli("host", "my_user", "my_password", "database");
$mysqli->query('SET foreign_key_checks = 0');
if ($result = $mysqli->query("SHOW TABLES"))
{
while($row = $result->fetch_array(MYSQLI_NUM))
{
$mysqli->query('DROP TABLE IF EXISTS '.$row[0]);
}
}
$mysqli->query('SET foreign_key_checks = 1');
$mysqli->close();