Há uma conexão persistente no Workbench, portanto, não há sobrecarga nesse sentido. A execução de uma consulta deve ser igualmente rápida tanto na CLI quanto no Workbench, no entanto, a transferência de dados é um pouco mais lenta às vezes porque o Workbench armazena os resultados localmente primeiro para poder classificá-los quando o usuário clica em um campo de cabeçalho na visualização do conjunto de resultados (incluindo vários classificação de coluna). Tente repetir a consulta em ambas as ferramentas e veja se os tempos ainda diferem. A primeira execução de uma consulta geralmente é mais lenta do que as execuções seguintes devido ao cache de execução.