Você não pode ter dois bancos de dados hospedados na mesma porta TCP. Em vez disso, especifique as portas para cada banco de dados na lista separada por vírgulas:
-instances=project:region:db=tcp:3306,project:region:db-2=tcp:3307
Eu usei 3306 e 3307 aqui, mas você pode usar as portas que quiser! Verifique se o restante da configuração do Container Engine permite a comunicação entre os nós nessas portas (talvez isso seja verdade por padrão, não uso o GKE).
A maioria dos drivers mysql se conecta à porta 3306 por padrão, mas tem uma maneira de especificar outra porta. Você terá que providenciar para que seu código se conecte à porta diferente escolhida para o segundo banco de dados.
