Truncar uma tabela com o Doctrine é tão "simples" quanto:
$connection = $entityManager->getConnection();
$platform = $connection->getDatabasePlatform();
$connection->executeUpdate($platform->getTruncateTableSQL('my_table', true /* whether to cascade */));
Mas você precisa saber que o MySQL não poderá truncar nenhuma tabela uma vez que tenha uma restrição de chave estrangeira.