No momento, o Cloud Dataflow não fornece fonte de entrada MySQL.

A maneira preferencial de implementar suporte para isso é implementar uma fonte de entrada definida pelo usuário que pode lidar com consultas MySQL.

Uma maneira alternativa seria executar a consulta no programa principal e preparar os resultados da consulta para um local temporário no GCS, processar os resultados usando o Dataflow e remover os arquivos temporariamente.

Espero que isto ajude