Primeiro baixe a versão mais recente do driver mysql jdbc. Aqui está 5.1.36 , dentro dele, existe o arquivo .jar, extraia o arquivo jar e coloque no diretório lib da pasta de instalação do BaseX. Nas janelas é
C:\Program Files (x86)\BaseX\lib
Reinicie o servidor ou GUI. para GUI você deve fechar tudo, é melhor abrir do diretório bin basexgui
sql:init("com.mysql.jdbc.Driver"),
let $con := sql:connect('jdbc:mysql://localhost:3306/DB_NAME', 'DB_USER', 'DB_PASSWORD')
return sql:execute($con, "select version()")
para consultas detalhadas documentação BaseX