O ORDER BY se aplica antes ou depois de DISTINCT?

1. 
   De um modo geral, os conjuntos de resultados são não ordenados a menos que você especifique um ORDER BY cláusula; na medida em que você especificar um pedido não restrito (ou seja, ORDER BY em colunas não exclusivas), a ordem na qual os registros que são iguais sob essa ordenação aparecem no conjunto de resultados é indefinida.
   
   Suspeito que você esteja especificando uma ordem não restrita, que é a raiz de seus problemas:certifique-se de que sua ordem seja rigorosa especificando ORDER BY sobre um conjunto de colunas que é suficiente para identificar exclusivamente cada registro para o qual você se importa com sua posição final no conjunto de resultados.
   
2. 
   DISTINCT pode usar GROUP BY , que faz com que os resultados sejam ordenados pelas colunas agrupadas; isto é, SELECT DISTINCT a, b, c FROM t irá produzir um conjunto de resultados que aparece como se ORDER BY a, b, c foi aplicado. Novamente, especificar uma ordem suficientemente estrita para atender às suas necessidades anulará esse efeito.
   

SELECT   t.*
FROM     Threads t INNER JOIN Posts p ON t.id = p.threadid
GROUP BY t.id
ORDER BY MAX(p.id) DESC