Eu também encontrei esse erro e descobri que a unidade de disco rígido no servidor estava cheia.

Eu estava tentando truncar uma tabela. Não consegui fazer isso pelo script da web ou pelo MySQL Workbench.

Depois de apertar o punho no administrador do servidor, apaguei alguns arquivos temporários, pois tive que esperar pela disponibilidade dele, e então consegui executar meu truncado.