De acordo com uma das respostas para isto pergunta, seu problema pode ser causado por alterações no MySQL 5.6 (veja as notas do InnoDB em http://dev.mysql.com/doc/relnotes/mysql/5.6/en/news-5-6-20.html ):

Ajuda se você alterar innodb_log_file_size para algo maior que 50M? (Alterar essa variável precisa de alguns passos para funcionar corretamente:

https ://dba.stackexchange.com/questions/1261/how-to-safely-change-mysql-innodb-variable-innodb-log-file-size ).