Infelizmente, ft_min_word_len é uma variável de sistema global e não pode ser definida dinamicamente:veja Documentos online do MySQL . Mudá-lo significaria reconstruir cada FULLTEXT index ao redor, btw, para que você possa ver por que eles não querem que não administradores mexam com isso.

Temo que sua solução alternativa (ou algo totalmente equivalente) seja a única maneira de resolver o problema em sua situação. Desculpe! (Mas, elogios por pensar nisso!).