O problema aqui parece bastante simples.
---TRANSACTION 7490, ACTIVE 3047 sec
MySQL thread id 189, OS thread handle 0x7f03be9fb700, query id 3840 10.0.2.1 root cleaning up
Trx read view will not see trx with id >= 7491, sees < 7491
---
O encadeamento 189 (uma conexão de cliente) está ocioso e está há algum tempo, mas deixou uma transação em execução. Isso provavelmente é um bug no código que está usando o banco de dados, já que não faz sentido deixar uma transação em execução por quase uma hora.
mysql> KILL 189;
Isso deve liberar o bloqueio de metadados... mas você precisa descobrir por que isso está acontecendo. Bad Things™ acontecerá se um aplicativo não se comportar melhor do que isso.
Além disso... seu aplicativo não deve estar se conectando como
root . Não está relacionado ao problema, mas não é bom, se é isso que é. 
