O comportamento padrão do SQLAlchemy é agrupar conexões dentro do Engine:
http://www.sqlalchemy.org/docs/core/engines.html
http://www.sqlalchemy.org/docs/core/pooling.html
No que diz respeito à desconexão durante a noite, esse é um comportamento conhecido do MySQL, SQLAlchemy fornece o sinalizador pool_recycle para contornar isso. Aqui estão muitos links que o descrevem:
http://www.sqlalchemy.org/docs/dialects/mysql .html#connection-timeouts
http://www.sqlalchemy.org/docs/core /pooling.html#setting-pool-recycle
http://www.sqlalchemy.org/docs/core/engines .html#sqlalchemy.create_engine (pool_recycle)
http://www.sqlalchemy.org/trac/wiki/FAQ#MySQLserverhasgoneaway
Postagem do blog de apenas alguns dias atrás:
http://douglatornell.ca/blog/2012/01/08/ permanecer vivo/