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Como substituir os IDs de departamento separados por vírgula pelo nome, respectivamente?


Você deve evitar armazenar dados como valores separados por vírgulas e seguir a normalização.

No entanto, neste caso, você pode fazer algo como 
select 
e.id , 
e.name , 
group_concat(d.name) from employee e 
left join department d on find_in_set(d.id,e.department) 
group by e.id ;