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Como atualizar o conjunto de id de 1?


Claro que existe um jeito:
set @counter = 0;
update table_name
set id  = (@counter := @counter + 1);

EDITAR

Para evitar problemas com chaves duplicadas, você pode executar algo assim antes de alterar temporariamente os IDs atuais para equivalentes negativos:
update table_name
set id  = 0 - id;