Este é um erro do MySQL, não do Python.

A lista de possíveis causas e possíveis soluções está aqui:MySQL 5.5 Manual de Referência:C.5.2.9. O servidor MySQL sumiu .

As causas possíveis incluem:

Em outras palavras, existem muitas causas possíveis. Percorra essa lista e verifique todas as causas possíveis.