O melhor que posso pensar é usar o EXPLICAR para verificar o plano de execução da sua consulta com índice e sem índice e depois ver a diferença no desempenho da consulta.

Você também pode consultar:

• A execução do MySQL planeja dependem dos índices disponíveis?
• Usando EXPLAIN para escrever melhores consultas MySQL
• Como encontrar consultas não indexadas no MySQL, sem usar o log