Não entendo por que isso é necessário, mas você pode corrigi-lo por qualquer

1. 
   Adicionando autocommit=True no connect() parâmetros.
   
2. 
   Chamando conn.commit() após o cursor.execute() comando.
   

Parece que inicia uma transação em um instantâneo ou algo assim por padrão. Eu (nervosamente!) enviei um problema no repositório pymysql, pois não ouvi nada aqui. Este foi encerrado imediatamente com a explicação

Se alguém souber algo melhor do que usar autocommit avise.