Eu tive o mesmo problema algumas semanas atrás. A pasta do banco de dados no sistema de arquivos era de propriedade do usuário errado. Um simples chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql/database_name fez o truque!

Tudo está explicado aqui:http://www.dinosources.eu/2010 /10/mysql-cant-create-table (é italiano, mas é bem claro)

Saúde