Pode estar vindo do pool de conexões que seu aplicativo está usando. Usamos uma consulta simples para testar a conexão.

Acabei de dar uma olhada rápida na fonte para mysql-connector-j e não está vindo de lá.

A causa mais provável é o pool de conexões.

Pools de conexões comuns:

commons-dbcp tem uma propriedade de configuração validationQuery , isso combinado com testOnBorrow e testOnReturn pode causar as declarações que você vê.

c3p0 tem preferredTestQuery , testConnectionOnCheckin , testConnectionOnCheckout e idleConnectionTestPeriod

Para o que vale a pena, costumo configurar o teste de conexão e o check-out/empréstimo, mesmo que isso signifique um pouco de conversa extra na rede.