Tente envolver sua inserção em massa em uma transação.
START TRANSACTION
INSERT INTO `table_name` VALUES (data1), (data2), ..., (data1000);
COMMIT
Isso pode melhorar o desempenho, mas não tenho certeza se o mySQL pode confirmar parcialmente uma inserção em massa (se não puder, isso provavelmente não ajudará muito)
Lembre-se de que, mesmo em 1,5 segundo, para 30.000 registros cada um com ~1k de tamanho, você está fazendo 20 MB/s de velocidade de confirmação, você pode realmente ter um drive limitado dependendo da configuração do seu hardware.
O conselho seria investigar um SSD ou alterar sua configuração de Raid ou obter unidades mecânicas mais rápidas (há muitos artigos on-line sobre os prós e contras de usar um banco de dados SQL montado em um SSD).
