Pode ser magic_quotes_gpc . Você pode verificar se ele está desligado?

Aqui está uma maneira de desativá-lo:http://php.net/ manual/en/security.magicquotes.disabling.php

Além disso, você está usando declarações preparadas? PHP PDO/MySQLI escapará automaticamente para você. Depende do tipo de consultas que você está usando.